中心共设九个科室,分别为:办公室、党办、人事科、财务科、灌排科、总工办、工会、旗下营水土保持试验站、抢险队内蒙古自治区防汛抗旱物资储备库。

各科室的分工为:

(一)办公室

1、会议的组织、安排

2、公章、资质管理

3、中心的合同管理

4、中心有关计划、总结、请示、报告、通知、办法等文字性材料的起草

5、公务接待、车辆管理

6、档案管理、网站维护、保密工作、信息工作

7、中心的组织机构代码证、法人证书年检

8、办公用品领取、固定资产登记

9、文印室管理

10、基层水利体系服务建设工作

11、完成领导交办的其他工作

(二)党办:

1、党务工作

2、精神文明建设

3、纪检监察

4、信访、综合治理工作

5、扶贫、绿化、卫生、节能减排相关工作

6、安全生产工作

(三)人事科

1、人事工资工作

2、干部管理及培训

3、老干部工作

4、劳动纪律管理

5、职工食堂管理

(四)灌溉排水科

1、负责技术支撑和服务工作

(五)抢险队

1、担负黄河内蒙古段的工程抢险任务,担负黄河防洪堤坝除险加固,河道控导等防洪工程任务。

2、负责防汛抗旱储备库物资的回收、储备、维护、调运、管理工作。

3、负责自治区防汛物资库物资的建账、统计、管理工作。

(六)总工办

1、负责审查工作的合同签订与管理。

2、负责农村牧区饮水安全工程技术审查工作。

(七)财务科

1、负责灌排中心的各项财务工作。

2、负责中心全体职工的医保、社保的核定和缴纳工作。

(八)工会

1、负责中心后勤工作

(九)水保站

1、负责旗下营基地的相关水利方面的建设